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除此之外，德国还有很多大学之外的研究机构也从事科研活动（BMBF地图）。

马克斯—普朗克科学促进会（Max-Planck-Gesellschaft）拥有近80家研究所，主要分布在自然科学和社会科学各基础研究领域。

亥姆霍兹联合会（Helmholtz-Gemeinschaft）由16个大型国家科研中心组成，是德国最大的科研机构。亥姆霍兹联合会的科研活动旨在保障和改善民众生活基础，并由此定位于针对和解决触及社会、科学及经济的重大的及紧迫性问题，在能源、地球与环境、健康、关键技术、物质结构以及交通与航天等六个领域开展研究。

莱布尼茨科学联合会（Wissenschaftsgemeinschaft Gottfried Wilhelm Leibniz e. V.）拥有86所科研机构，重点进行以需求为导向和跨学科的研究活动，它同企业、公共行政机构和高校保持着紧密联系，并且为它们提供研究基础设施。莱布尼茨学会还向公众、政界、科学和经济界提供科研类服务，如中介、咨询、成果转化等。

弗劳恩霍夫协会（Fraunhofer-Gesellschaft / FhG）成立于1949年，拥有80多个研究机构，核心任务是开展应用研究，促进经济发展及社会利益，合作伙伴及客户是工业和服务性企业以及政府机构。

此外，联邦和各州也在各自职权范围内支持科研活动，并针对社会、技术、公共医疗和经济领域的问题，为国家提供可能的行动方针。

在德国，约70%的研发投资由经济界承担。经济界的科研活动通常注重应用和成果。有的企业拥有自己的研究机构，但也与其它科研机构进行联合项目合作。致力科研的领域有汽车工业、电气化工和机械制造等。