意大利是欧盟成员国，海关管理遵循欧盟于1992年10月12日颁布的《欧共体海关法典》制定的统一规则、税则和税率。为进一步简化海关程序和手续，增加透明度，提高工作效率，意大利政府于1999年7月3日颁布第300号法律，将原财政部管理海关的海关司和间接税司分离出来，并于2001年1月1日正式成立独立的海关总局，统一负责管理全国海关。下辖的20个大区级海关、52个省级海关，另设有48个技术办公室和24个化学实验室。
1、监管制度
货物进入意大利境内后接受意海关的监管，包括：查看货物、核实单证、检查企业账务、检查运输工具、随身物品等，根据海关规定进行行政调查，或在必要的情况下对监管物品采取措施。在贸易过程中各项程序所直接或间接涉及到的人，须在海关当局规定的时间内提供所要求的文件及必要的协助。各种文件至少保存3年，以备海关当局的随时检查。
货物在等待清关期，处于海关的临时监管之下，被称为“临时监管货物”。它们只能在规定的条件下存放在被海关指定的地点。海关当局可随时要求卸货或拆除包装，以检查货物或运输工具。未经海关允许不得挪动。海关当局可要求货物的拥有者出具付款担保。若在规定的时间内未办理清关手续，海关当局将视货物的情况采取必要的措施，包括拍卖。也可在货物拥有者负担费用和风险的情况下，将货物转移到其监管的特殊地点。此外，海关当局对转口、保税仓库、进境加工、临时进口等货物也给予监督和管理。
2、通关程序
《欧共体海关法典》中制定的海关制度包括：进口、转口、保税仓库、进境加工、海关监管下加工、临时进口、出境加工和出口。
货物到达欧盟任何一个关口，进口商或承运商须向海关申报，同时指明货物去向：存放保税区、再转口、销毁、交付国库。申报后第一个休息日前，进口商、承运商或经纪人须填写递交统一格式的简要申报表。海运的货物须在递交申报表45天内、非海运货物在20天内办理报关手续。除转口、临时进口和海关核定后以特殊名义报关的货物外，其它货物的报关人须在欧盟境内有固定住所。报关分普通程序和简化程序两种。
普通程序：
根据不同的用途而填写不同的表格，并附所有必要的文件，一般包括进出口合同、货物发票、原产地证明书，必要时附带进出口许可证、公证书和质量证书等。海关当局接受申报表的日期即为报关日期。
为检查申报内容的真实性，海关当局可要求报关人再提供其它文件用来核对申报表中的数据，也可检查货物，抽样化验、分析。
检查货物、抽样化验所涉及的运输、挪动等费用由报关人承担，海关担负化验分析的费用。报关人有权列席上述工作，必要时海关可要求其协助。
海关要对货物进行检查，报关人如发现数据不符时，可提出申请，经批准后，可校正原申报内容，但不得与开始所申报内容严重不符。
海关可对以下几种情况中涉及货物采取必要的措施，包括罚没和拍卖。
1、因报关人的原因未能在规定的时间内对货物进行检查;
2、所要求文件不齐全;
3、在规定时间内进口或出口的税金未支付或未担保;
4、属于政策限制、禁止的范围;
5、货物放行后未在规定时间内运走等。
简化程序：
在完全遵守海关程序和制度的情况下，海关当局可允许省去报关单中的某些要求及附带的文件，但必须呈交一个商业或行政证明和申请书。在帐本中登清货物名称，海关也可免除报关。
无论使用上述哪种方法，应具有识别货物的必要数据和登记的准确日期。货物放行后，海关亦有权检查各种文件。
3、征税制度
意大利海关按照欧盟海关的统一税则，根据关税、配额、优惠措施和其它进出口规则，对进出口货物按成交价进行计税。
为做好海关税金的征纳，海关当局可要求进出口商提供其履行海关义务的担保。担保金额可等于或高于应交付的税金。担保可以是银行的现金存款或信用担保。公共机构不需要担保，500欧元以下也可不要担保。海关税金部分交付后，可申请撤回担保。
进口税金的征收范围包括：应缴纳进口关税的一般商品;部分免税、临时进口的商品;合法进入欧盟境内应缴纳关税的商品;非法从免税区进入欧盟境内的商品;逃避海关检查的进口商品;在临时监管或某一海关体制下未交税金的商品;免税区或仓库内消费的商品、应交纳进口税金的商品;未严格执行减免税规定的商品。
出口税金的征收范围包括：报关后出口到欧盟境外应交纳出口税的商品;未经报关出口到欧盟外的商品;未遵守减免出口税规定的商品。