日本公私立医院、诊所很多，拥有健全的医疗保险制度。日本国民以及在日本居住一年以上且加入各类医疗保险的外国人均能享受医疗服务。但是由于短期赴日的外国人不在可加入医疗保险之列，所以无法享受日本的医疗保险。因此，如果短期来日者在日本患病，如无较高收入，将对当事人造成沉重的经济负担。 故建议短期来日的我公民在出国前接受正规的身体检查，在确保身体条件允许的情况下再出行，来日前加入海外旅行意外伤害保险以备不测。
日本总体上卫生条件比较理想。但是由于生存环境和生活习惯的不同，赴日旅行的公民也不可大意。为了确保在国外健康愉快地渡过短暂的旅程，中国公民有必要从饮用水、食物、个人卫生、生活规律等各方面注意保持自身健康。
虽然日本自来水水质较有保障，但初来日本的游客对其水质也有一段适应的过程，所以最好饮用矿泉水、纯净水或将生水煮沸后再饮用。 日本人的饮食中生鲜食物占着很大比重，如生鱼片、寿司、生鸡蛋拌饭等在日本被尊为美味。许多中国人不习惯吃生鱼，尤其需要注意饮食。 日本四季潮湿，食物易腐烂，故日本对商店所售食品均按法律规定要求标明严格的保质保鲜期。所以过期的食品不能食用，以免引发霉菌感染。
3月至4月是日本樱花盛开的季节，而此时也正是花粉浓度极高的时节，如对花粉比较敏感，请自备必要的药剂。除过去发生的大肠杆菌和近年的疯牛病外，日本未曾发生过大面积疫情蔓延事例。 出国前注意了解日本卫生防疫动态信息，做到心中有数是非常必要的。