日本的博士课程学制通常为3年，但医学、牙医学、兽医学的博士课程学制通常为4年。博士课程申请者只限于具有硕士学位，或被承认具有同等学力者。日本的博士生分为两种，一种为课程博士，另一种为论文博士。课程博士生应取得30以上的学分(包括在硕士课程中取得的学分)，考试合格并通过论文答辩即可获得博士学位。
此外，有些大学采取5年一贯制的博士课程。本科毕业生即有资格申请此类课程。此类博士课程分为博士前期及博士后期两部分，前期学制为2年，后期为3年，实际上，博士前期就是硕士阶段，毕业后发硕士学位;博士后期即为即为博士阶段，毕业后可被大学院授予博士学位。
本科课程第一学年平均缴费在80万日元到200万日元不等(医学系和齿学系较贵，在500万日元左右)，硕士和博士课程第一学年平均缴费在80万日元到150万日元不等。从第二年度开始，由于不必缴付入学费，所以缴费大约可减少30%。日语教育机构一年收费在40万到100万日元之间，短期大学学费在55万到137万日元之间。
根据日本国际教育协会的统计，外国留学生在日本每个月的平均学习研究费为5.7万日元、交通费0.8万日元、膳食费2.4万日元、房租3万日元、水电煤气费0.7万日元、保险医疗费0.3万日元、课余爱好娱乐费0.7万日元、杂费1.1万日元等。因此，外国留学生在日本每个月的平均学费与生活费为12.8万日元，其中东京费用最高，每月接近15万日元。这样算来，外国留学生在日本一年的学费与生活费大约在150万日元左右。